공작원 소탕 임무를 받고 알래그란사 섬에 도착한 ‘아무로 레이’. 섬에서 본 건 아이들과 자쿠의 망령이었다. '아무로'는 기습 공격에 맞서던 중 절벽 아래로 떨어지고 ‘쿠쿠루스 도안’과 아이들의 도움을 받아 그들과 함께 생활하며 잃어버린 건담을 찾아 나선다. 한편, ‘아무로’를 구하러 온 화이트 베이스 부대와 ‘도안’의 전 소속 부대인 지온의 서던 크로스 부대가 동시에 나타나 결전을 벌이며 섬의 평화는 깨지고 마는데… 과연 ‘아무로’는 건담을 되찾고 섬의 아이들을 구할 수 있을까?